از سوي ديگر، انتخاب مشايي به عنوان معاون اول رئيس جمهور، در حالي که وي در سه حادثه تقابل دولت نهم با مراجع يعني ورود زنان به ورزشگاه، اهانت به قرآن و اظهار دوستي با مردم اسرائيل نقش محوري ايفا کرده و موجب شده بود مراجع تقليد صراحتاً خواستار عزل او شوند، بازتاب منفي در بين چهره‌هاي روحاني حامي احمدي‌نژاد گذاشته است.

آيات خزعلي، ‌مصباح، مهدوي کني و يزدي که پيش از اين به احمدي‌نژاد توصيه کرده بودند مشايي را برکنار کند، اکنون هم پاسخ حمايت‌هاي خود در انتخابات از وي را دريافت کردند و هم با گلايه‌هاي پياپي مراجع تقليد و علماي حوزه مواجه شده‌اند.

جريان کفن پوشان به سرکردگي مجتبي ذولنور و قاسم روانبخش نيز که منتقدان جدي مشايي بودند، اکنون با تناقض مواجه شده‌اند.