شنيده شده که در روزهاي قبل از برکناري وزير اطلاعات، دو معاون وزير و چندين کارشناس تا حد مديرکل نيز در اين وزارتخانه از سمت‌هاي خود برکنار و مجبور به بازنشستگي شده‌اند. بر اساس گزارش رسيده به «موج سبز آزادي» تعداد کارمندان رده‌بالاي وزارت اطلاعات که پس از انتخابات برکنار و يا مجبور به بازنشستگي شده‌اند، بالغ بر 20 نفر است که دو تن از آنها در رده‌ي معاون وزير و بقيه در سطح مديرکلي و سطوح پايين‌تر بوده‌اند. اين گزارش حاکي است علت اصلي تغيير و تحولات اخير در اين وزارتخانه، گزارش تيم ويژه‌ي وزارت اطلاعات در خصوص پرونده انقلاب مخملي است. تهيه‌کنندگان اين گزارش با مطالعه‌ي تمام پرونده‌ها و بازجويي مجدد از تعدادي از بازداشت شدگان اخير، نتيجه گرفته‌اند که اتهام تلاش براي انقلاب مخملي واقعيت ندارد. نويسندگان اين گزارش که دو نسخه از آن براي رهبري و رئيس دولت هم ارسال شده، نتيجه گرفته‌اند که مجموعه اتفاقات پس از انتخابات نه تنها هيچ ارتباطي با خارج از کشور ندارد، بلکه هيچ تدارکي از قبل براي آن وجود نداشته و قابل پيش‌بيني هم نبوده است. گفتني است اولين واکنش احمدي‌نژاد به تهيه‌ي اين گزارش در وزارت اطلاعات، اين بوده که سراسيمه به وزارت اطلاعات رفته و بدون اينکه با وزير و معاونانش جلسه بگذارد، در جلسه‌اي عمومي با کارکنان ستاد اين وزارتخانه گفته است: من از سپاه کاملا راضي هستم، از وزارت هم اصلا راضي نيستم. وي همچنين گفته است: توطئه‌ي دشمنان براي براندازي نرم بايد افشا شود و انتظار دارم وزارت اطلاعات در اين زمينه فعال‌تر باشد. احمدي‌نژاد همچنين چند روز بعد در جلسه‌اي شخصا خواستار برکناري دو معاون وزير اطلاعات و بررسي نقش ديگر دست‌اندرکاران تهيه‌ي گزارش مذکور شده است. در همين راستا، گزارش تاييد نشده‌ي ديگري حاکي است محسني اژه‌اي، وزير معزول اطلاعات، پيش از اين در يک جلسه به چند مقام ارشد دولت خبر داده که حدود نيمي از پرسنل اين وزارتخانه به ميرحسين موسوي گرايش دارند.