در تازه ترين تحول در روابط دولت دهم و علما و مراجع تقليد، آيت الله لطف الله صافي گلپايگاني و آيت الله ناصر مکارم شيرازي، دوتن از مراجع شيعه در قم، با انتقاد از رويکرد دولت محمود احمدي نژاد، دولت دهم را به مخالفت با روحانيت متهم کرده اند.