اما بار ديگر زماني اسم نقدي در محافل خبر پر رنگ شد که احمدي نژاد در سال 84 به مقام رياست جمهوري اسلامي ايران برگزيده ( منصوب ) شد و نقدي را بعنوان معاون و رئيس ستاد مبارزه با قاچاق کالا و ارز منصوب کرد و بعد از اين انتصاب بود جنگ قدرتي بين باند نقدي و باند رحيم مشايي در گرفت که اين نزاعها منجر به افشاي پرونده فساد شرکت بهزيست بنياد ( وابسته به نزديکان احمدي نژاد ) گرديد و متعاقب اين افشاگري از طرف باند محمد رضا نقدي ، وي از کار برکنار و يکي از نزديکان محمود احمدي نژاد هم که ذي نفع اين فساد اقتصادي بود تحت تعقيب قضايي قرار گرفت .

بعد از اين برکناري ، نقدي مدتي را در سکوت خبري و خلسه سياسي گذارند تا اينکه انتخابات رياست جمهوري دهم و اعتراضات بعد از آن بوقوع پيوست و حجت الاسلام طائب - فرمانده وقت بسيج - به پاس سرکوب معترضان توسط نيروهاي تحت امرش ، با حکم علي خامنه اي به مقام رياست اطلاعات سپاه برگزيده شد و نقدي هم با حکم رهبري به فرماندهي نيروي مقاومت بسيج منصوب گرديد